Es en esta etapa cuando se va a conformar la estructura propiamente dicha de lo que entendemos por “capilla de música” de una catedral española desde el Renacimiento hasta nuestros días. Históricamente, el término “capilla” procede del lugar o aula, generalmente vecino al claustro, en el que tenían lugar los ensayos musicales. Por extensión se aplicó luego la palabra al grupo de músicos encargados de cantar o tocar, incluidos todos los accesorios necesarios: libros corales, instrumentos, vestimenta etc. usados por aquellos en el templo o en la corte.
A grandes rasgos, se puede decir que las iglesias de Occidente imitaron durante siglos el modelo de la Schola Cantorum de San Gregorio Magno, que fundamentalmente velaba por el Canto Gregoriano, siendo su director nato el chantre, mientras que la polifonía fue patrimonio de las capillas de música, al frente de las cuales estaba el maestro de capilla. Las catedrales españolas siguieron un modelo determinado de capilla basado en las que se crearon en Roma a la vuelta de los papas de Avignon a la Ciudad Eterna. Estos grupos musicales romanos culminaron en el s. XVI con el esplendor de las Capillas Sixtina y Giulia.
En las catedrales españolas se unía al coro de cantores la “capilla de ministriles”, cuya misión, además de doblar o incluso sustituir las voces de la polifonía, era fundamentalmente la de amenizar las procesiones, entradas, salidas y tiempos libres de la liturgia. El acompañamiento era realizado por el arpa, clave, violón, violines y órgano. Este esquema, con más o menos variantes, permanece en las catedrales españolas hasta bien entrado el s. XIX.
La catedral de Pamplona, que durante la Edad Media estuvo muy relacionada con los principales focos musicales de París, Flandes y Avignon (falta un estudio profundo de esta época), a partir del s. XVI sigue el esquema de las catedrales españolas. En 15l6 la Capilla de Música de Pamplona estaba compuesta por 6 cantores, 2 ministriles de chirimía, organista y maestro de capilla. La institución se vio notablemente reforzada y asentada sobre una base económica solvente en l523, a raíz de la visita de Carlos V a Pamplona. A partir de esta fecha, y una vez consolidada la unión de Navarra con Castilla, se intensificó la compra de material musical procedente de las catedrales de Toledo, Burgos etc.
En la segunda mitad del siglo, en concreto en l568, había aumentado la plantilla, que estaba compuesta por el maestro, organista (arpa), 3 “cantores”, 2 tenores, un contralto, un tiple y 4 infantes, un cantor-contrabajo, dos chirimías, un bajón y un corneta. En l572 continúa la plantilla anterior. En l597 el obispo Antonio Zapata reorganizó la Capilla de Música, amplió el número de sus componentes y la dotó de nuevas rentas. Así por ejemplo, el número de tiples o infantes pasó de 4 a 12.
Los siglos XVII y XVIII constituyen uno de los puntos culminantes de su larga historia. Como dato curioso, cabe señalar el viaje del coro y la pequeña orquesta de la Catedral en 166O a San Sebastián y San Juan de Luz, acompañando al rey de España Felipe IV con motivo de las bodas reales de Luis XIV de Francia con la infanta María Teresa de Austria. La actividad musical del coro ha permanecido ininterrumpida en la Catedral al menos desde hace ocho siglos. Es decir, el Cabildo ha mantenido a sus expensas un coro y una pequeña orquesta, todos ellos profesionales.
En sus filas han trabajado o se han educado varios músicos importantes, que luego han sido maestros de diversas catedrales y de la Capilla Real de Madrid: Miguel Navarro, Urbán de Vargas, Pedro de Ardanaz, José de Cáseda, Sebastián Albero, Hilarión Eslava, Mariano García, Jesús García Leoz etc.
Se puede afirmar con toda verdad que la Capilla de Música es un testigo excepcional de la historia de Navarra. Hasta bien entrado el s. XX, no ha habido un solo acontecimiento de relevancia en la vida religiosa y aún social de Navarra sin que hayan actuado el coro y orquesta catedralicias en la parte musical del evento: jura de los reyes en la Catedral, entrada de los nuevos obispos, funerales de muchos de ellos, Te Deum por las victorias y llanto por las derrotas de nuestra historia, fiestas patronales, visitas de los distintos reyes y personajes de España… Hasta el propio Himno oficial de Navarra “Marcha para la entrada del Reyno” nació entre sus muros, mientras los ministriles de la Capilla de Música tocaban los “pasaclaustros” al paso de las Cortes hacia la Puerta Preciosa.