A partir del año 1206 se conoce el nombre de los directores de la música catedralicia, llamados chantres (“cantor”, “preceptor”). Corresponden al siglo XIII los siguientes: Pedro de Navaz, García Martínez, Arnaldo de Boson, Ximeno Lopiz de Luna, Pedro Cornelio de Baztán y Sancho Martínez de Guerguetiáin. Siglo XIV: Rodrigo Ibáñez de Medrano, Gil García, Juan de Foleaut, Juan de Poyo-Alto, Guillén de Amaneu y Pascual Périz de Olleta. Siglo XV: Ximeno de Tajonar, Martín de Abárzuza, Pedro de Andosilla, Juan de Roncesvalles.
La denominación y la figura del maestro de capilla como tal no aparecen claras hasta el s. XV. Hemos visto antes cómo su equivalente medieval, el “chantre”, se encargaba del canto llano y de la educación de los infantes. Parece deducirse por el contexto que, junto con el nacimiento de la polifonía, se va perfilando el oficio del maestro de capilla. En l436 el navarro José de Anchorena, que había estudiado en Salamanca, era el “maestro mayor de los cantorcicos”, mientras aparece como “chantre” Martín de Abárzuza, lo que indica que se van separando los cometidos de uno y otro cargo. Anchorena pasó a la Catedral de Burgos en l438. Juan Sánchez de Escós aparece en l497 como “maestro de músicos de Pamplona”, y en l483 figura como músico de la Seo de Burgos.
Junto con el maestro aparece también la figura del organista. Se suele fijar el año 757 como fecha de la introducción del órgano en Occidente, a través de un obsequio del emperador de Oriente a Pipino el Breve. A partir de esta fecha se extiende rápidamente el uso del órgano en las iglesias de Occidente. Probablemente la Seo de Pamplona utilizó este instrumento en su liturgia al menos desde la adopción del Rito Romano (l083), a imitación de otras catedrales francesas o catalanas de la época. El órgano está presente en la iconografía medieval de la Catedral, pero la documentación escrita conservada no se refiere a dicho instrumento hasta el s. XV. Entre l46l y l465 fue organista de la catedral de Pamplona Gil de Borja, que cobraba 20 libras por “sonar los órganos”