A grandes rasgos, se puede decir que las iglesias de Occidente imitaron durante siglos el modelo de la Schola Cantorum de San Gregorio Magno, que fundamentalmente velaba por el Canto Gregoriano, siendo su director nato el chantre, mientras que la polifonía fue patrimonio de las capillas de música, al frente de las cuales estaba el maestro de capilla. Las catedrales españolas siguieron un modelo determinado de capilla basado en las que se crearon en Roma a la vuelta de los papas de Avignon a la Ciudad Eterna. Estos grupos musicales romanos culminaron en el s. XVI con el esplendor de las Capillas Sixtina y Giulia.

En las catedrales españolas se unía al coro de cantores la “capilla de ministriles”, cuya misión, además de doblar o incluso sustituir las voces de la polifonía, era fundamentalmente la de amenizar las procesiones, entradas, salidas y tiempos libres de la liturgia. El acompañamiento era realizado por el arpa, clave, violón, violines y órgano. Este esquema, con más o menos variantes, permanece en las catedrales españolas hasta bien entrado el s. XIX.

La catedral de Pamplona, que durante la Edad Media estuvo muy relacionada con los principales focos musicales de París, Flandes y Avignon (falta un estudio profundo de esta época), a partir del s. XVI sigue el esquema de las catedrales españolas. En 15l6 la Capilla de Música de Pamplona estaba compuesta por 6 cantores, 2 ministriles de chirimía, organista y maestro de capilla. La institución se vio notablemente reforzada y asentada sobre una base económica solvente en l523, a raíz de la visita de Carlos V a Pamplona. A partir de esta fecha, y una vez consolidada la unión de Navarra con Castilla, se intensificó la compra de material musical procedente de las catedrales de Toledo, Burgos etc.

En la segunda mitad del siglo, en concreto en l568, había aumentado la plantilla, que estaba compuesta por el maestro, organista (arpa), 3 “cantores”, 2 tenores, un contralto, un tiple y 4 infantes, un cantor-contrabajo, dos chirimías, un bajón y un corneta. En l572 continúa la plantilla anterior. En l597 el obispo Antonio Zapata reorganizó la Capilla de Música, amplió el número de sus componentes y la dotó de nuevas rentas. Así por ejemplo, el número de tiples o infantes pasó de 4 a 12.

Los siglos XVII y XVIII constituyen uno de los puntos culminantes de su larga historia. Como dato curioso, cabe señalar el viaje del coro y la pequeña orquesta de la Catedral en 166O a San Sebastián y San Juan de Luz, acompañando al rey de España Felipe IV con motivo de las bodas reales de Luis XIV de Francia con la infanta María Teresa de Austria. La actividad musical del coro ha permanecido ininterrumpida en la Catedral al menos desde hace ocho siglos. Es decir, el Cabildo ha mantenido a sus expensas un coro y una pequeña orquesta, todos ellos profesionales.

En sus filas han trabajado o se han educado varios músicos importantes, que luego han sido maestros de diversas catedrales y de la Capilla Real de Madrid: Miguel Navarro, Urbán de Vargas, Pedro de Ardanaz, José de Cáseda, Sebastián Albero, Julián Prieto, Hilarión Eslava, Mariano García, Jesús García Leoz, Daniel Piudo etc.

Se puede afirmar con toda verdad que la Capilla de Música es un testigo excepcional de la historia de Navarra. Hasta bien entrado el s. XX, no ha habido un solo acontecimiento de relevancia en la vida religiosa y aún social de Navarra sin que hayan actuado el coro y orquesta catedralicias en la parte musical del evento: jura de los reyes en la Catedral, entrada de los nuevos obispos, funerales de muchos de ellos, Te Deum por las victorias y llanto por las derrotas de nuestra historia, fiestas patronales, visitas de los distintos reyes y personajes de España… Hasta el propio Himno oficial de Navarra “Marcha para la entrada del Reyno” nació entre sus muros, mientras los ministriles de la Capilla de Música tocaban los “pasaclaustros” al paso de las Cortes hacia la Puerta Preciosa.

El coro durante estos últimos años ha experimentado un notable resurgimiento, teniendo una media anual de 50-60 actuaciones, de las que la mitad son con orquesta de cámara. Su presencia en la Catedral suma unas 30 intervenciones al año: principales solemnidades del año litúrgico, además de los domingos de Adviento y Cuaresma, Vísperas de San Fermín del 6 de julio, Misa del día 7 y Octava, San Saturnino, Privilegio de la Unión de los Burgos, Ofrenda del Gobierno a Santa María la Real, tradicional Visita de San Miguel de Aralar al Palacio de Navarra. En algunas de estas fechas el coro es acompañado por la orquesta Pablo Sarasate y por el Orfeón Pamplonés, actuando siempre como director el maestro de capilla de la Catedral.

Además de atender el culto de la Seo de Pamplona, la Capilla ha cantado en las principales catedrales y auditorios de España: Quincena Musical de San Sebastian, Festival Bach de la misma, Semana Internacional de Órgano de la Catedral de León, Semana de Música Antigua de Estella, Festival de Gerona, auditorios de Santiago de Compostela, Valencia, Orquesta de Euzkadi, Museo Lázaro Galdiano y Academia de Bellas Artes de Madrid, catedrales de Burgos, Toledo, Santiago, Sevilla, Girona, Alcalá de Henares, Granada, Mezquita de Córdoba, Logroño, Lugo, Madrid, Bilbao, León, Jerez de la Frontera, Málaga, etc.

En l991 inició sus salidas al extranjero. Ha actuado en Roma, en las tres capitales de la Comunidad Europea: Bruselas, Luxemburgo y Estrasburgo, en la Universidad de Oxford, en la prestigiosa sala St. John´s Smith Square de Londres y en la Catedral de Westminster. En 1996 dio 7 conciertos en New York, actuando en el Auditorium de la ONU, Lincoln Center, Universidad de Columbia, Catedral de San Patricio etc. En 1997 tomó parte en ciclos musicales estables de Venecia y Bergamo, culminando la gira en el Duomo de Milan. En diciembre de 1999, con motivo del 450 aniversario de la llegada de San Francisco Javier a Japón, realizó una exitosa gira por las ciudades de Yamaguchi, Hiroshima y Nagasaki, actuando en 2001 en las catedrales de Florencia y Siena y en 2002 en las de San Juan de Malta e isla de Gozo, invitado por la Radio RTK en su X Aniversario. En 2003 actuó en la basílica de Saint Denis y catedral de Notre Dame de Paris y en la de Bayona. En 2004 en las islas Canarias con motivo del VI Centenario de la diócesis Lanzarote-Gran Canaria. En 2006 en Lucerna (Suiza), en 2007, invitado por la Embajada de España ante la Santa Sede, en Roma y Viterbo, en 2008 en Torum y Varsovia (Polonia), en 2010 en Lituania y Letonia (conciertos patrocinados por la Embajada de España en Lituania), en 2011 actuó en Sion (Suiza)​, en 2012 en la ciudad de Praga y en 2014 en Israel y Palestina.

En todos estos escenarios la Capilla de Música ha presentado siempre en una parte de su concierto autores inéditos de Navarra, sobre todo del propio Archivo catedralicio de Pamplona.